整體計畫執行架構說明如下：

一、總計畫：台灣農村社會文化調查計畫

• 執行單位：中研院歷史語言研究所
• 主持人：王明珂（中研院歷史語言研究所特聘研究員）
  負責計畫擬定、實施、協調、整合、管考等行政工作，並視需要調整組織、經費與調查工作。

二、分項計畫一：農村人口、社會與經濟調查計畫

• 執行單位：中研院社會學研究所
• 主持人：吳齊殷（中研院社會學研究所研究員兼副所長）
• 計畫目的：
  採用「臺灣社會變遷基本調查」作為本分項計畫運作結構，對臺灣農村的人口、社會、文化與經濟進行系統性問卷調查，以理解臺灣農村的真實現況。調查資料除了用以建立臺灣農村社會文化變遷的長期資料庫外，亦能提供農委會落實「農村再生條例」之實證依據。

三、分項計畫二：農村生活、文化及其歷史變遷調查計畫

• 執行單位：中研院臺灣史研究所
• 主持人：許雪姬（中研院臺灣史研究所特聘研究員兼所長）
• 計畫目的：
  透過文獻盤整、農村生活文化資源普查等研究方式，以調查、發掘臺灣農村現存或逐漸被淡忘的各種生活傳統，梳理、考察其變遷過程，解釋其文化系統上的特質。並引領社區居民感觸農村生活方式之特有人文價值、探討其作為地方文化資產，在當代社會中被加以創新運用之可能性。

四、分項計畫三：農村調查資料數位化整合與呈現計畫

• 執行單位：中研院數位文化中心
• 主持人：陳淑君（中研院歷史語言研究所助研究員兼數位文化中心執行秘書）
• 計畫目的：
  將各分項計畫調查之臺灣農業環境、生產、社會、文化、人類生態及其歷史變遷等資料，以地理資訊系統和鏈結開放資料的語意標準與技術，整合至數位平台。提供調查資料上傳、民眾協作、資料分析與統計，以及資料視覺化呈現工具，規劃持續性的平台營運及數位資料保存機制。

五、區域調查中心：
本計畫分別於全臺設置區域調查中心，提供總計畫與各分項計畫至各區域調查場域進行實地調查工作之據點。同時結合各區域當地的研究資源與調查能量，並協助與配合各分項計畫進行區域調查與人才培訓。